En este espacio puden encontrar la información compartida durante el taller virtual “Digitalización y Movilización de Colecciones Biológicas en Portales Symbiota” realizado el 26 de septiembre de 2022.
Información General de Symbiota
- Página principal de Symbiota: symbiota.org
- Equipo Symbiota: Symbiota Support Hub
- Documentación en español: symbiota.org/docs
- Canal de YouTube: Symbiota
- Asistencia de Symbiota en español: ayuda@symbiota.org
- Sistema de tickets: Ayuda Symbiota
Pasos iniciales para utilizar portales Symbiota
1. Elegir el portal Symbiota adecuado para nuestras colecciones
Existen alrededor de 45 portales Symbiota, con enfoque taxonómico o regional. A continuación se encuentra un listado de los portales sugeridos para los tipos y ubicación de las colecciones compartidas por los participantes del taller. La lista completa de portales se encuentra aquí.
| Grupo taxonómico | País | Portal | ¿A cargo del equipo Symbiota? |
| Todos | Guatemala | Portal de Biodiversidad de Guatemala | Sí |
| Todos | Panamá | Instituto de Investigaciones Tropicales Smithsonian -STRI- | Sí |
| Todos | Ecuador | Base Nacional de Datos de Biodiversidad | No |
| Plantas | México | Red de Herbarios del Noroeste de México | Sí |
| Plantas | Todos | Flora Neotropical | Sí |
| Macroalgas | Todos | Macroalgal Herbarium Consortium | Sí |
| Vertebrados | Todos | CSVColl | Sí |
| Artrópodos | Todos | ecdysis | Sí |
| Otros Invertebrados | Todos | Invert-E-Base | Sí |
| Líquenes | Todos | Consorcio de Herbarios de Líquenes de América Latina | Sí |
| Hongos | Todos | MyCoPortal | No |
| Fósiles (plantas) | Todos | PaleoBotany Portal | Sí |
2. Crear una cuenta en el portal Symbiota
Ingresar en el portal Symbiota de interés y dirigirse a la opción “Nueva Cuenta” o “New Account” para generar una cuenta. Completar los campos requeridos y el código reCAPTCHA para generar la cuenta. Se recomienda agregar campos como el ORCID para facilitar la asociación de las colecciones y los datos con los investigadores.
3. Solicitar un perfil para su colección
Una vez el usuario tenga una cuenta en el portal Symbiota deseado, debe completar este formulario para solicitar el perfil para su colección. Luego de enviar el formulario, debe enviar un correo a ayuda@symbiota.org para dar aviso de la solicitud.
Términos importantes:
- Perfiles de manejo en vivo de colecciones: Permiten el ingreso y edición de datos en el portal. El administrador del perfil tiene acceso a todas las herramientas de manejo de datos. Permiten la movilización de datos a iDigBio y GBIF. Más información.
- Perfiles de colecciones snapshot: Copias de los datos de la colección que se manejan en otro sistema o plataforma. Estos perfiles pueden ser actualizados periódicamente. NO son adecuados para manejar o editar datos. Permiten la movilización de datos a iDigBio y GBIF. Más información.
- Administradores: Poseen acceso completo a las herramientas del perfil virtual de la colección. Más información.
- Editores: Poseen acceso limitado a las herramientas del perfil virtual de la colección (no permite la importación de archivos, la edición masiva de datos, la eliminación de registros o la publicación de datos en GBIF). Más información.
4. ¡Empezar a digitalizar!
El equipo Symbiota generará un perfil de colección de acuerdo con la información compartida en el formulario. Una vez el perfil esté establecido, los solicitantes serán agregados como administradores o editores y podrán iniciar con el ingreso de datos de sus especímenes. Más información aquí: Ingreso de datos.
Preguntas realizadas durante el taller
Acerca del ingreso de datos y manejo de colecciones en portales Symbiota:
¿Se puede realizar cargas masivas de datos en los portales Symbiota? -Sí. Existe la función de carga masiva de archivos .csv y DarwinCore Archives. Se debe tener precaución al ingresar archivos masivos, en especial cuidar que los números de catálogo sean correctos, ya que una vez en el portal únicamente pueden ser editados de forma individual. Otros detalles pueden corregirse con las herramientas de edición por lote en los portales. Se recomienda enviar los archivos grandes al equipo Symbiota antes de incorporarlos en los portales (ayuda@symbiota.org). Más información: Documentación.
¿Se pueden integrar los catálogos completos de colecciones a partir de una matriz en formato Darwin Core? -Sí. (Ver respuesta anterior). Todos los archivos que se integran y que se exportan en los portales tienen este formato. Más información: Campos requeridos para cargar archivos en Symbiota.
¿Los campos del formulario de ingreso de datos en los portales Symbiota están predeterminados o se pueden personalizar? -Los campos están predefinidos, basados en el estándar DarwinCore. Se necesita financiamiento para desarrollar nuevos campos y herramientas desde el Symbiota Support Hub. Más información: Campos disponibles en Symbiota. Descripción de campos. Formulario.
¿Symbiota maneja datos de abundancias y datos de los individuos (p.e. cobertura del follaje y altura en parcelas de vegetación)? -El formulario de ingreso de datos contiene el campo DarwinCore individualCount (cantidad), por lo que se puede agregar la abundancia de cada especie en una localidad determinada. Para identificar las parcelas, se puede agregar un código de campo, código de proyecto o etiqueta de proyecto. Algunas colecciones utilizan el campo de descripción para ingresar más datos de los especímenes o vinculan los especímenes asociados a las mismas localidades. También existen módulos para características fenológicas que pueden ser incorporados en los portales bajo solicitud. Más información: Documentación módulo fenología. Campos disponibles en Symbiota. Descripción de campos.
¿Pueden generarse etiquetas con distintos formatos desde los portales Symbiota? -Sí. Existe un módulo para configurar y generar etiquetas con distintos formatos. Las etiquetas mejor desarrolladas en este módulo son las utilizadas en herbarios y colecciones de vertebrados. Las etiquetas má´s pequeñas, como para especímenes entomológicos y láminas aún no son procesadas con un formato adecuado. Más información: Documentación. Tutoriales. Etiquetas para paquetes de líquenes.
¿Las etiquetas pueden generarse con códigos de barra y códigos QR? -Únicamente con códigos de barra. El módulo de etiquetas no cuenta con la función para generar códigos QR.
¿Dónde pueden almacenarse imágenes de los registros para luego vincularlas con los especímenes en los portales Symbiota? -Las imágenes pueden ingresarse directamente en los portales Symbiota (archivos JEPG iguales a menores a 10 MB). Existen varias opciones de plataformas externas si la cantidad de imágenes es excesiva (consultar con el equipo Symbiota) o si desean compartir imágenes de mayor resolución (p.e. Cyverse, WikiCommons, Flickr).
¿Por qué necesitamos un sistema de manejo de colecciones (p.e. Symbiota) para poder publicar datos a GBIF? -GBIF es un agregardor de datos. Esa plataforma global permite publicar datos ya estandarizados. Los sistemas de manejo de colecciones, como Symbiota, permiten la estandarización primaria de los datos de colecciones, para que estén listos para compartir en cualquier plataforma de biodiversidad (datos FAIR). La disponibilidad de tesauros taxonómicos y geográficos, así como herramientas de georreferenciación y limpieza de datos en los portales Symbiota, también contribuyen con la obtención de datos de alta calidad para compartir. Más información: Publicación de datos en GBIF.
¿Si mis datos ya están en GBIF o en otras plataformas, es posible agregarlos en Symbiota sin duplicar los datos? -Sí. Se puede agregar la colección a cualquier portal (o a varios) como una copia o “snapshot“. La idea de los datos estandarizados (y FAIR) es que pueden ser intercambiados sin problemas entre distintas plataformas de biodiversidad. Para que los registros de biodiversidad sean publicados en plataformas virtuales sin duplicación, necesitan un código único de identificación (occurrenceID en DarwinCore). En el momento de agregar registros previos en Symbiota, únicamente debemos asegurarnos que contengan ese código global único para reconocerlo. Más información: Integrarse en un portal Symbiota.
Acerca de la administración de información taxonómica en los portales Symbiota.
¿Es posible cargar catálogos taxonómicos en los portales Symbiota? -Sí. El tesauro taxonómico de los portales puede integrar catálogos virtuales que cuenten con un API (Catalog of Life, WoRMS), o archivos .csv con los campos taxonómicos correspondientes. Consultar con el Symbiota Support Hub o los administradores del portal de interés para agregar información taxonómica. Más información: Tesauro taxonómico.
¿Cómo se pueden ingresar nombres científicos que no se encuentren en el tesauro taxonómico? -Existen varias formas. Se puede utilizar el módulo de ingreso de nombres taxonómicos para realizarlo a mano. También se pueden ingresar los nombres directamente en el formulario (sin autor y familia) y realizar una limpieza taxonómica posterior para agregar los nombres desde Catalog of Life y WoRMS. Más información: Limpieza taxonómica.
Acerca de aspectos técnicos y de administración general de los portales Symbiota.
¿Cual es la diferencia entre utilizar un portal Symbiota en línea que descargar el programa de GitHub? -Aunque Symbiota es un software de código abierto, no es un programa que pueda descargarse. Se requiere de personal técnico altamente capacitado y especializado en este código para generar nuevos portales. La opción más amigable es utilizar los portales ya existentes, mantenidos por el Symbiota Support Hub, solicitando un perfil para su colección. Para generar nuevos portales Symbiota con asistencia del Symbiota Support Hub, se requiere de planificación con el equipo y (dependiendo del contexto) financiamiento.
¿Cómo se logra instalar un nuevo portal Symbiota institucional? -(Ver respuesta anterior). La instalación de nuevos portales Symbiota requiere de un equipo técnico capacitado. El equipo Symbiota no provee servicios de acompañamiento técnico como parte de sus funciones, fuera de los portales mantenidos en Arizona State University. Además de contar con la infraestructura local necesaria, se requiere de planificación y probablemente un presupuesto disponible para contratar este tipo de servicios técnicos por parte del equipo. Otro aspecto a considerar es la capacitación y contratación de un administrador del portal para su mantenimiento posterior. Por favor comunicarse con el equipo Symbiota para compartir su caso específico.